Suốt những năm 1950, những người Công giáo nghiên cứu về thần học và Kinh Thánh bắt đầu quay khỏi chủ nghĩa tân kinh viện (neo-scholasticism) và kiểu giải thích Kinh Thánh theo nghĩa đen. Giáo hội đã áp dụng cách hiểu này từ Công đồng Vatican I để trả lời dị giáo đổi mới. Có thể nhận thấy thay đổi này đối với các nhà thần học như Karl Rahner S.J., và John Courtney Murray S.J., họ cố gắng giải thích kinh nghiệm con người hiện đại để hợp với những điều giáo lý Kitô giáo; những người như là Yves Congar, Joseph Ratzinger (tức là Giáo hoàng Biển Đức XVI), và Henri de Lubac tìm hiểu về Kinh Thánh và Giáo hội một cách được cho là chính xác hơn, dùng nó là nguồn phục hồi (ressourcement).

Cùng lúc đó, các Giám mục trên thế giới có nhiều vấn đề khó khăn trước mặt do thay đổi chính trị, xã hội, kinh tế, và công nghệ. Trong số đó có Giám mục muốn tìm cách mới để giải quyết các vấn đề này. Công đồng Vatican I đã được tổ chức gần 100 năm về trước nhưng bị cắt ngắn khi Quân đội Ý vào thành phố Rôma vào cuối thời kỳ Thống nhất nước Ý. Vì thế, công đồng chỉ có thì giờ tranh luận về vai trò của chức Giáo hoàng, còn các vấn đề mục sư và giáo lý mà có thể ảnh hưởng đến cả Giáo hội chưa được giải quyết.

Tuy nhiều người nghĩ rằng Giáo hoàng Gioan XXIII sẽ là một Giáo hoàng yên ổn, nhưng ông công bố mục đích triệu tập Công đồng ngày 25 tháng 1 năm 1959, chưa đầy 3 tháng sau khi được bầu tháng 10 năm 1958. Trong khi ông tỏ ý kiến đầy đủ về công đồng trong nhiều bức thư vào giai đoạn ba năm, một trong những hình ảnh nổi tiếng nhất là khi Giáo hoàng trả lời câu hỏi tại sao cần triệu tập một công đồng, ông mở cửa sổ và nói, "Tôi muốn mở lớn các cửa sổ Giáo hội để cho chúng ta nhìn ra được và công chúng nhìn vào được." Từ tiếng Ý của "hiện đại hóa", aggiornamento, cũng được liên tưởng với hình ảnh này. Ông mời nhiều giáo phái Kitô giáo khác gửi người để quan sát Công đồng. Cả những giáo phái Tin Lành và Chính Thống giáo Đông phương phúc đáp. Giáo hội Chính Thống giáo Nga, vì sợ chính phủ Liên Xô (Chủ nghĩa Cộng sản), chỉ chấp nhận sau khi Tòa Thánh nói bảo đảm là Công đồng sẽ có tính không chính trị.